В депозитарии организовано открытое, то есть доступное для посетителей, хранение предметов, что позволяет увидеть многочисленные музейные коллекции.
Уникальное собрание музея – коллекция изразцов, одна из крупнейших в России (более 3,5 тыс. предметов). Её большую часть составляют печные изразцы.
На галерее второго этажа центральное место отведено «фирменному» устюжскому промыслу – шемогодской резьбе по бересте.
Вниманию посетителей также представлены высокохудожественные памятники церковного искусства XVI – начала XX в. из серебряной кладовой музея, в том числе предметы, декорированные эмалью, чернью, позолотой, драгоценными и полудрагоценными камнями.
Экспонируются и костяные изделия различных центров резьбы по кости, фарфоровые изделия российских и иностранных заводов.
В отдельном зале второго этажа демонстрируется коллекция предметов из металла. В основном это самовары.